久々にgit-ftpを使ったら、うまく行きませんでした。git-ftpを使ってpushしたところ、push先のフォルダ構成がめちゃくちゃになるのです。

色々確かめた（git-ftpの設定、gitの設定、git-ftpのコマンド、git-ftpのオプション、git-ftpの公式ドキュメント（英語）、git-ftpのソースコードまで覗いてみたりしました）ところ、原因は使用しているgitのバージョンが古かった（1.8.1.msysgit.1ではダメ、1.9.4.msysgit.1ではＯＫ）ためでした。

前にrailsをインストールした際、git（1.8.1.msysgit.1）も同時にインストールされたようで、さらに環境変数にraisのgitのbinのパスが先に書かれていたため、何も考えずコマンドプロンプトでgitを使うとrailsのgit（1.8.1.msysgit.1）を使うようになっていたようです。

判明するまで丸一日かかりました。
git-ftpのコードまで覗いた揚句、原因はgitのバージョン違いという脱力ものの結果です。
せめてgit-ftpの公式ドキュメント（英語）に動作するgitのバージョンを書いていて欲しかったです（実は書いてあって私が見落としていた可能性はありますが）。